囤房稅2.0趕在本屆最後一次國會三讀通過，且將改採全國歸戶，非自住持有者稅率從原先最高3.6%調整至最高4.8％，讓許多民間團體發文指出，「遲來半套的正義」，民眾黨總統候選人柯文哲也政見發表會上痛斥，囤房稅2.0其實是在打假球，因為中央並未強制要求地方執行。對此行政院長陳建仁也出面表示，稅所有地方政府「都必須」採行。
柯文哲指出，囤房稅2.0卡關多年，當時民進黨聲稱，全國總歸戶做不到，不料卻在選前三讀通過。雖目前已修法完成，並改採全國歸戶，也把稅率提高，但中央卻並未要求地方政府同步執行，讓他直言，囤房稅2.0是在打假球。
對此，陳建仁表示，修法明定房屋所有人非自住、非出租、非繼承取得共有的住家用房屋，按「全國歸戶」戶數適用「全數累進」稅率課徵，並將稅率範圍調高為2％至4.8％，且所有地方政府都必需採行。
財政部也說明，全國僅持有一戶自住房屋（排除房屋現值超過一定金額的房屋）的人，稅率調降為1％，減輕單純購屋自住者稅負。另出租申報租賃所得達租金標準或繼承取得共有的住家用房屋適用稅率範圍，酌調為1.5％至2.4％（原為3.6％），鼓勵房屋有效利用。建商新建住家用房屋在合理銷售期間（2年）內者稅率範圍，酌調為2％至3.6％；超過2年的餘屋則適用2％至4.8％。
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